années 2000- 2008 - commentaires de l'actualité

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10/2008

Je conseille d'écouter l'intervention de Luc Ferry (Les dangers du "principe de précaution": Regard critique du philosophe) qui s'est exprimé lors du colloque sur les OGM à l'Académie des sciences en septembre 2008. Son analyse des causes de la prolifération des peurs, notamment tournées vers la science (OGM....), est intéressante. Le désenchantement du monde et la chute dans le capitalisme, conduisent à un monde de compétition aveugle où l'histoire est vide de sens. Sa conclusion "rationaliste" insiste sur le déclin des vocations scientifiques (40% en 15 ans) qui va de pair avec la peur, qui n'est plus motivée par la nature hostile mais par la science qui peut détruire l'humanité, sans compter son aspect ardu pour les élèves élevés dans l'idéologie pédagogiste. Il est clair que le vrai scientifique n'a pas peur de chercher, quellles que soient ses motivations, les plus hautes (beauté et mystère du monde, soif de vérité, effort commun pour un développement de l'humanité...) comme les moins hautes... la connaissance est un bon moyen de vaincre ses peurs irrationnelles.



09/2008

Même pour les français éloignés de Paris la venue du pape Benoît XVI à Paris et son discours au Collège des Bernardins, une initiative totalement originale pour le dialogue entre la Sagesse chrétienne et la Culture française, ou encore l'accueil du premier membre (étranger associé) de l'Académie des Sciences Morales et Politiques devenu pape, sont des événements culturels majeurs. Le discours aux invités du monde de la culture (intellectuels, artistes....) écouté avec un respect évident malgré la diversité de l'auditoire est historique. Nos opinions et choix de vie - comme ceux de nos élèves (dont certains faisaient aussi partie des dizaines de milliers de jeunes du "chemin de lumière" ou de la messe des invalides) - ne sont pas moins divers que ceux des auditeurs de ces paroles. Voici les mots de conclusion du discours de Benoît XVI : «Une culture purement positiviste, qui renverrait dans le domaine subjectif, comme non scientifique, la question concernant Dieu, serait la capitulation de la raison, le renoncement à ses possibilités les plus élevées et donc un échec de l'humanisme, dont les conséquences ne pourraient être que graves. Ce qui a fondé la culture de l'Europe, la recherche de Dieu et la disponibilité à L'écouter, demeure aujourd'hui encore le fondement de toute culture véritable.» Le rejet de toute autre opinion que le scientisme associé à un matérialisme athée n'a que trop duré pour les questions d'anthropologie en SVT dans l'Éducation Nationale. Amorçons le dialogue avec l'histoire des sciences, l'épistémologie, la biologie théorique. Abordons des questions aussi profondes que l'hérédité, la procréation, l'évolution... avec des points de vue ouverts sur les autres disciplines. C'est le but de ce site.



08/2008

Les intéressantes pages d'Antoine Danchin, de l'Institut Pasteur, ont été assez récemment reformatées et déplacées sur le site de l'ENS Ulm. Il est le digne (et dernier ?) représentant d'une biologie théorique moléculaire centrée sur l'information et vraiment réfléchie (érudite). Je conseille par exemple sa page de biologie théorique, ou ses pages d'histoire en science en travaux...



07/2008

Pour ceux qui n'ont pas encore de quoi s'offrir "De la science aux fourneaux" par Hervé This (Belin 2007), écoutez une petite émission sur Canal Académie. J'y ai appris: (1) qu'il existe des "récepteurs" du "gras" (des lipides); (2) que la salade est "cuite" par l'huile et non pas le vinaigre; (3) que l'huile entre entre les cellules de la pomme de terre chaude; (4) qu'il n'y a pas de moutarde dans la mayonnaise mais dans la rémoulade; (5) que la longueur en bouche (mesurée en caudalies) de l'huile est bien plus grande que celle de l'eau ou de l'alcool; (6) que le goût de bouchon est davantage une saveur qu'une odeur; (7) que les homards sont bleus grâce aux molécules rouges d'astaxanthine accolées et torsadées...



07/2008

Bien qu'encore en travaux, j'ai présenté dans une longue page (De la mutation au problème de la variation ) mes efforts de clarification de la notion de mutation, notamment à l'aide des travaux de N. Amzallag. Elle contient un peu d'histoire des sciences avec l'article de Luria (comme pour l'alcaptonurie) mais aussi beaucoup de réflexions sur l'interprétation des données expérimentales du fait du profond ancrage du travail de N. Amzallag dans l'expérience. Une page simplifiée a été écrite à l'attention des élèves: Les mutations.
La
page sur les VIH présente ces virus dans la même optique d'un système immunitaire dynamique en mettant davantage l'accent sur les cellules et les organes que sur les molécules.



réactualisé 05/2008

Science in School, revue scientifique européenne (en anglais) à destination des scolaires, éditée par l'EIROforum (réunion de 7 organismes scientifiques européens) continue ses publications qui devraient donner des idées aux collègues, notamment pour des TPE SVT(ou physique-chimie)-langues. Certains articles sont traduits en français. L'un d'entre eux m'a semblé intéressant à analyser.. pour les élèves de première très avancés et les élèves de terminale. La grande migration: sur le migration des cellules embryonnaires de la future ligne latérale du poisson-zèbre. Ici une traduction et quelques analyses.



04/2008

Une belle réponse de Bernard Joly, président de la Société française d'histoire des sciences et des techniques, au courrier d'un lecteur de La Recherche (418, avril 2008, 7) au sujet de son article dans le dossier: Les alchimistes à l'origine de la science moderne, 416, février 2008, pp30-45: « À l'opposé du relativisme qui nie les évolutions historiques et qui prétend que tout se vaut, cette conception [de l'alchimie comme chimie du passé] reconnaît l'existence de ruptures fondamentales. Mais ce sont des ruptures à l'intérieur de l'histoire des sciences. Non pas des ruptures qui opposeraient l'obscurantisme à la raison, mais des remises en question, par de nouvelles exigences de la raison, des acquis antérieurs de la rationalité scientifique». Voilà une mise au point qui peut s'adresser à G. Lecointre et H. LeGuyader, pour leur lamentable introduction à l'histoire des classifications dans leur ouvrage "Classification phylogénétique du vivant". Je mets en garde les collègues contre toute utilisation pédagogique irréfléchie de ce texte particulièrement biaisé, que l'on commence à retrouver sur les sites académiques. Que l'on se comprenne bien, il s'agit non pas de s'attaquer aux classifications phylogénétiques (cladistes), qui sont devenues la règle, mais au relativisme parfois sous-jacent véhiculé, innocemment ou non. Voir page sur le cladisme et nommer-classer.



03/2008

Jean-Robert Pitte, ancien Président de la Sorbonne, membre de l'Académie des sciences morales et politiques, parle de son livre : Stop à l'arnaque du bac sur canalacadémie. Professeur de la Sorbonne empêché de faire cours, bac bradé ... le désespoir est grand. Sur les causes profondes, les mots de Benoît XVI me semblent très justes: « à la racine de la crise de l'éducation se trouve [...] une crise de confiance dans la vie».



01/2008

Un ouvrage intéressant qui mériterait une vulgarisation de la part de ses auteurs : Mathématiques et sciences de la nature. La singularité physique du vivant. Francis Bailly et Guiseppe Longo, Hermann, 2006; le sous-titre révèle bien la position moniste assumée : ils déclarent ainsi que le vivant est du domaine - et seulement du domaine - d'une physique originale (l'état vivant est proposé comme une situation critique étendue (loin de l'équilibre) maintenue par homéostasie - ou/et homéorhésie).. Pour moi, malgré la cohérence de leur démarche, ceci reste une négation de l'originalité du vivant, par rapport à un matière physique. Je reviendrais dans mes pages sur leur intéressant travail (sur la finalité contingente et l'itération notamment) mais je préfère, ô combien, l'éclairage aristotélico-platonicien de Thom qui fait jaillir l'originalité du vivant du sein même des mathématiques, ou, bien sûr, celui de Bergson, qui place la biologie au centre de sa métaphysique.



01/2008

Les pages sur l'alcaptonurie et la phénylcétonurie sont en ligne après bien des années d'attente. La page sur l'alcaptonurie a pris résolument la direction de l'histoire des sciences, mais cela n'a pas été possible pour la phénylcétonurie du fait de la masse de matériel disponible.
Une petite page apéritive sur
Bergson a été ajoutée; le temps devient un élément majeur de toute réflexion en biologie théorique.


10/2007

Tout comme les dernières versions de IE sur PC (bouton zoom en bas à droite de la fenêtre de navigation), le navigateur gratuit OPERA (http://www.opera.com/) , sous Mac et PC, a une fonctionnalité très intéressante pour les projections dans les classes: un zoom qui s'applique sur la totalité de la page (et aussi des images), on se déplace ensuite dans la page avec les flèches-ascenseurs de la fenêtre ; pomme^+ sous Mac...



08/2007

Un panorama des thèmes et concepts du cours à embrasser d'un seul coup d'œil



réactualisé 07/2007

J'ai enfin trouvé sur internet en libre accès le texte de l'article d'Helen Pearson : What is a gene ? (Nature, vol 441, 25 May 2006, 399-401) qui a fait date : http://pasteur.crg.es/portal/pls/portal/docs/1/7260.PDF. Je vous conseille de le télécharger avant que le lien ne soit obsolète. Je renvoie à une page avec une traduction maladroite personnelle. Sans être une étude exhaustive, il pointe quelques résultats qui, ces deux dernières années, ont profondément ébranlé le paradigme de la biologie moléculaire (que l'on pourrait énoncer ainsi : le gène est une unité d'information stable, transmise héréditairement) :
- 1er résultat: la
complexité de l'information génétique nécessite l'imagination de réseaux pour rendre compte des mécanismes de synthèse de protéines (qui s'oppose à la linéarité de l'ADN). Par exemple des portions de gènes très éloignées et situées dans des parties non codantes pour un produit mais codantes pour un autre, et qui sont réunies ensuite..., d'innombrables chevauchements... : ces mécanismes dépassent de loin l'épissage alternatif en termes de complexité. Or quand on a un réseau il est clair que les relations expérimentales déterministes ne peuvent plus être explorées de la même manière que lorsque l'on a une chaîne de réactions (voir les travaux de Nissim Amzallag sur cette question; voir aussi le nouveau cours de 1ère S, notamment la partie historique)). Pour l'enseignant que je suis il est clair que cette complexité INVENTÉE comme explication n'est plus utile à des élèves comme outil de pensée (un enseignement de mathématiques sur les réseaux serait bien plus profitable; pour illustrer mon propos : une petite conférence "diffusion des savoirs de l'ENS" accessible à un enseignant de SVT montrant un système génétique simple (1 gène, 1 produit dimérique, trois opérateurs transcriptionnels) chez le phage lambda: Étude des dynamiques d'un réseau de gènes par Denis Mestivier (univ. Paris VII) [18 novembre 2004] disponible sur internet http://www.diffusion.ens.fr/index.php?res=conf&idconf=477 , qualité d'enregistrement moyenne). Mon cours de 1ère S reprend donc le problème de la signification des molécules au sein des dynamiques sans entrer dans la complexité de ces nouveaux modèles.
- 2ème résultat: la remise en cause de l'expression unitaire (discontinue) de chaque gène moléculaire par synthèse de nombreux ARNm (en fonction de l'activité de la cellule) dont la plupart seraient traduits. Au contraire, il semblerait que
l'ADN soit transcrit en masse, de façon continue, et qu'il donnerait naissance à une énorme quantité d'ARN (de différentes longueurs) dont seule une petite partie serait traduite (voir Transcriptional Maps of 10 Human Chromosomes at 5-Nucleotide Resolution, Cheng J. et al. Science 308, 1149-1154 (2005), accessible librement sur internet à l'adresse: http://www.euchromatin.com/ChengJ01.htm).
- 3ème résultat: la transmission héréditaire d'une
information génétique de moins en moins stable et associée aussi à l'ARN. Deux articles très médiatisés sont signalés: l'article de l'équipe française niçoise publiée dans le même n° de Nature (RNA-mediated non-mendelian inheritance of an epigenetic change in the mouse, Rassoulzadegan, M. et al. Nature 441, 469-474 (2006) : http://intl.emboj.org/ nature/ journal/ v441/ n7092/full/ nature04674.html ) et celui - controversé- d'une équipe américaine travaillant sur les plantes (Genome-wide non-mendelian inheritance of extra-genomic information in Arabidopsis, Lolle, S. J., Victor, J. L., Young, J. M. & Pruitt. R. E. Nature 434, 505-509 (2005) disponible par exemple à l'adresse: http://contanatura-hemeroteca.weblog.com.pt/arquivo/Lolle%20et%20al.pdf ). Ce qui me semble encourageant est que de plus en plus de chercheurs de génétique moléculaire sont maintenant davantage ouverts à des interprétations plus complexes qui nous feront probablement enfin sortir du paradigme actuel. Helen Pearson rapporte les paroles de Robert Pruitt, co-auteur de l'article précédemment cité: "It definitely changes my view of inheritance."


On peut aussi lire (en anglais) un résumé de l'article d'Helen Pearson : Genetics: What is a gene?; The idea of genes as beads on a DNA string is fast fading. Protein-coding sequences have no clear beginning or end and RNA is a key part of the information package, reports Helen Pearson. (Génétique : Qu'est-ce qu'un gène ? ; L'idée de gènes enfilés comme des perles sur un segment d'ADN s'estompe rapidement. Les séquences codantes des protéines n'ont ni début ni fin clairs et l'ARN est un élément clé du stockage de l'information, rapporte Helen Pearson) (http://pasteur.crg.es/portal/page/portal/Internet/06_NOTICIAS/HIDE-NOTICIAS/149D30433A129A11E04012AC0E0145DE).


06/2007

Le sujet de bac 1èreES confirme les craintes exprimées (voir cours). Dans la partie "Place de l'homme dans l'évolution", la première question du sujet porte sur "Résistance des moustiques aux insecticides : montrez [à partir de documents] que les conditions de l'environnement peuvent jouer un rôle dans l'évolution d'une espèce". C'est inadmissible. Quand à la deuxième partie sur la comparaison-homme chimpanzé, elle se passe de commentaires. Non pas que le sujet comporte des difficultés particulières, mais je réagis contre cette forme de sous-culture qui consiste, sous des prétextes de culture, à faire passer un enseignement dépassé et idéologique (concernant des mécanismes évolutifs moléculaires auxquels plus grand monde ne croît) et qui, surtout, nécessite un cours de génétique qui n'est pas au programme de cette partie (cette année il faisait partie des deux thèmes au bac mais ce n'est pas toujours le cas).
Pour le
sujet de 1èreL, la première question (alimentation SVT) ne posait pas de problèmes particuliers: les documents permettaient de comprendre ce que représentait l'absorption du fer par l'organisme... mais cela reste un exercice difficile pour un élève littéraire et je ne suis pas sur que l'on puisse considérer qu'il s'agit ici de culture scientifique. La seconde question sur la place de l'homme dans l'évolution reste toujours dans la même ligne idéologique que le sujet de 1èreES, mais portent plus ou moins sur l'homme.



03/2007

La sensation d'être méprisé est devenue permanente. Les politiques au pouvoir dans l'Éducation Nationale depuis 30 ans n'ont cessé de dévaloriser les professeurs, et particulièrement les professeurs agrégés pour ce qui me concerne. La dernière mesure de discrédit atteint des sommets : http://www.legifrance.gouv.fr/ WAspad/UnTexteDeJorf? numjo=MENH0700231D (remplacements au pied levé, service sur plusieurs établissements, intervention dans d'autres disciplines, suppression des déjà insuffisantes rémunérations des services complémentaires...). Pour ceux qui sont très mal informés sur le temps de travail des enseignants, il est peut-être grand temps de rappeler que les enseignants ne sont pas payés pendant les vacances (service annualisé à 45h hebdomadaires sur 10 mois et payé sur 12 mois) http://leruisseau.iguane.org/IMG/pdf/1950-trop-vieux.pdf. La Société des Agrégés (http://www.societe desagreges.net/ index.htm) n'a cessé de clamer l'injustice qui était faite à ce corps d'intellectuels qui appartiennent à la catégorie A supérieure. Ils devaient évoluer selon la même grille que les administrateurs civils ... mais on les a laissé sans revalorisation depuis 40 ans (voir la tribune du collègue de Sciences Physiques Claude Roche, dans l'Agrégation n°421, p 534-535). Plutôt que de faire confiance à l'État, j'aurais probablement mieux fait de m'efforcer d'acquérir un statut social honorable par l'argent lorsque l'âge m'en laissait encore la possibilité.


11/2006

Je recommande l'Appel pour la refondation de l'École: http://www.refondation-ecole.net
Un candidat à l'élection présidentielle qui s'engagerait sur ce texte serait providentiel et me ferait reconsidérer mon départ de l'Éducation Nationale.
Parmi d'autres je relève les points suivants:
* RENDRE AU MAÎTRE SA LIBERTÉ PÉDAGOGIQUE : elle me paraît être gravement en danger d'une part dans la formulation des programmes (politiquement et idéologiquement marqués) et d'autre part du fait de l'insistance obsessionnelle des inspections pédagogiques à faire appliquer une démarche par résolution de problème (comme si la biologie consistait en une série de problèmes qui doivent trouver des solutions).
* RÉTABLIR UN BON NIVEAU D'EXIGENCE : et que cela ne soit pas les parents ou les chefs d'établissements qui en déterminent les limites...
* En vidant les programmes, en abaissant les exigences, en déstructurant les enseignements, les réformes successives ont conduit à un renforcement sans précédent de la sélection par la naissance et par l'argent. (
http://grip.ujf-grenoble.fr/documents/17mai.pdf sur le site du GRIP)


10/2006

Dans la nouvelle présentation du cours de seconde (partie cellule, ADN et unité du vivant), qui propose bien sûr aussi l'abandon de la notion de programme génétique (qu'aucun scientifique ne comprends plus comme un programme pour gouverner la vie (voir Qu'est-ce que la vie ?) mais plutôt comme le résultat d'un réseau STABLE d'interactions génétiques et épigénétiques ou environnementales par rapport à la cellule,..), l'accent est mis sur 2 idées qui sont des ouvertures:
- la nutrition, comme les deux autres fonctions globales du vivant, ne peut pas s'étudier uniquement à l'aide de la chimie (ce qui implique que les types trophiques ne doivent pas être vus sous l'angle des seules molécules carbonées); la notion de champ de nutrition est probablement la plus simple à utiliser;
- la division cellulaire est un phénomène qui ne peut pas être compris uniquement en terme de reproduction. Il serait préférable d'envisager des divisions de croissance et de renouvellement (dans un pluricellulaire ou dans une colonie), des divisions de développement (y compris dans une colonie) et des divisions de reproduction (chez un unicellulaire non colonial et dans les organes sexuels des pluricellulaires, ce qui inclus la méïose). Les chromosomes, vus comme les "organites" de la division, restent entourés de bien des mystères et leur étude cytologique ne fait que commencer.


09/2006

Devant la prolifération des cours en ligne, ces pages vont prendre une autre direction: non plus un cours mais des points de vue différents de ceux des manuels, des ouvertures...
Pour le point de vue consensuel vous avez les manuels et la plupart des sites internet grand public (de médiatisation comme certains préfèrent appeler la vulgarisation).
Peut-être le temps est-il venu de présenter la science comme un continuel conflit et non comme une connaissance consensuelle ?


Le besoin d'histoire des sciences peut être illustré avec une page complémentaire sur la transformation bactérienne et une page sur le concept un gène-une enzyme. Je suis bien conscient qu'une analyse des résultats expérimentaux à la lumière de nos connaissances actuelles est bien insuffisante (mais cependant nécessaire ?). L'histoire de la génétique est donc en cours de révision sous une forme plus documentée. Une page complémentaire sur quelques travaux de T.H. Morgan est aussi disponible.


Qu'est-ce que la biologie théorique ? Une page d'explications pour justifier ma démarche car certaines oppositions me viennent de l'éducation nationale qui devrait au contraire soutenir une démarche de biologie théorique. Je ne suis pas un héraut autoproclamé de la biologie théorique mais seulement un professeur qui cherche à faire son travail le plus consciencieusement possible. Je ne crois plus à la validité de la notion de programme génétique. Je l'enseigne donc comme une étape historique, en essayant d'en cerner les contours philosophiques et je m'efforce de présenter toutes les démarches alternatives.
Ces mots d'Edgar Morin me paraissent très justes : « Du coup, la biologie moléculaire, expliquant les machineries chimiques de la vie, mais non la vie elle-même, a cru que la vie était une notion mythologique, de toute façon indigne de la science, et a expulsé la vie hors de la biologie»
(Science avec conscience, Seuil 1990, p 251, cité in La raison malmenée. De l'origine des idées reçues en biologie moderne, Gérard Nissim AMZALLAG, CNRS Éditions, 2002 p 18).


Si les mathématiques sont devenus pour moi le futur de la biologie (voir buts ci-dessous), je ne suis pas étonné de trouver parmi les mathématiciens un intellectuel qui se bat pour l'école: je recommande l'analyse de Laurent Lafforgue http://www.ihes.fr/%7elafforgue/demission.html et ses textes sur l'enseignement.

Les chercheurs qui travaillent au sein d'un paradigme ne voient pas venir le danger d'une instabilité qui vient de l'extérieur. L'enseignant est au front. Il n'a pas à défendre le paradigme dominant comme le font certains politiciens et une partie de l'éducation nationale. Il ne faut pas oublier que les manuels scolaires (et tant d'ouvrages universitaires) sont des outils essentiels de maintien du paradigme dominant. (Idées empruntés à René Thom dans Paraboles et Catastrophes, 1983, Flammarion, p 115 et note n°2 du chIII p 184).


2005 année de la physique - Bonne année
La théorie de la relativité einsteinienne énoncée en 1905 a reçu dès 1910 une confirmation théorique grâce à la théorie des groupes, mal connue des physiciens eux-mêmes. Ce fondement est tellement solide qu'il n'est pas souhaitable d'imaginer que cette théorie puisse changer un jour (voir Jean-Marc Lévy-Leblond, La relativité, un siècle après, Les dossiers de la Recherche, 18, février 2005, p 15). Avec l'auteur, si je l'ai bien compris, je crois aussi qu'il est pédagogiquement nuisible de colporter l'idée que cette théorie comme tant d'autres sera dépassée un jour. Et qu'il est préférable d'enseigner le fondement théorique, même mathématiquement ardu, avant les applications physiques.
En biologie théorique c'est un autre trajet qui est suivi. C'est d'abord le travail théorique mathématique, un roc, qui a été fondé par René Thom (et d'autres). Et les biologistes ont bien du mal à s'en emparer. Je m'efforce, depuis quelques mois, d'en fournir quelques éléments dans mes cours (voir quelques références à partir de la page
Une théorie des modèles de René Thom).


La forme en biologie, une nouvelle rupture épistémologique ?
François Rechenmann («Étape marquante ne signifie pas rupture épistémologique», La Recherche, 376, juin 2004, 36) semble être le seul (dans les pages du magazine cité) à voir combien la vision d'un avenir de la biologie théorique échappe à de nombreuses personnes qui s'attachent au paradigme molécularo-génétique. Je penche résolument pour une rupture épistémologique radicale reposant sur le travail initié par René Thom et continué par une école mathématique de biologie théorique autour de la forme (voir l'article "forme" dans l'Encyclopedia Universalis).



À commander de toute urgence pour tous les esprits curieux qui ont trouvé dans ces pages des idées intéressantes: un CDRom (Mac, Linux, PC...puisqu'il a été saisi LaTex) qui contient la quasi-intégralité des œuvres de René Thom (livres, articles, correspondance inédite...) avec un moteur de recherche puissant.
Le bon de commande de la version préparatoire sous forme de souscription (60 euros) est disponible sur le site de l'IHES:
http://www.ihes.fr/~cdthom/


Le n° 370 de La Recherche contient deux références aux extravagances du groupe des antibiotiques à suivre avec avidité:
* en médecine, des antibiotiques "suppresseurs de codons stop", déjà connus, qui ont été utilisés avec succès chez certains malades atteints de mucoviscidose (Pascale Fanen: «Un traitement pharmacologique restaure le gène déficient», La Recherche, 370, décembre 2003, 26-27
d'après M. Wischanski et al., NEJM, 349, 1433, 2003 dont le résumé en anglais a été ajouté dans l'ancien cours de spécialité);
* en chimie, des antibiotiques de type petits peptides (avec des acides aminés L et D et des structures cycliques...) qui sont synthétisés par une voie différente de la synthèse ADN-ARN-ribosomes et qui pourraient bien constituer une voie alternative pour certains peptides. Pour la gramicidine S bactérienne ce sont de gigantesques enzymes (plus de 15.000 aa; la plus longue chaîne polypeptidique connue...) - les peptide synthétases non ribosomiques ou NRPS (Non Ribosomial Peptide Synthetase) - qui s'en chargent. Les NRPS ont été étudiés (discrètement !) depuis les années soixante. Les progrès de la biologie moléculaire ont maintenant permis de couper ces énormes molécules en modules actifs et, en insérant leurs gènes dans des cellules procaryotes hôtes, leur faire synthétiser des peptides antibiotiques "à façon" (Demain, des antibiotiques à façon ?, Mohamed Marahiel, Nadine Kessler et Uwe Linne, 2003, La Recherche, 370, décembre 2003, p 54-58).


Un travail didactique très utile réalisé par Philippe Mathy, déjà connu des collègues pour son remarquable article dans le Bulletin de l'APBG (la génétique de l'album de famille, Biologie-Géologie (Bulletin de l'APBG), 2-1998, 319-335), que je n'ai découvert que tardivement: Modélisation génétique et influence du milieu: quelques outils didactiques pour les cours de génétique du secondaire, Philippe Mathy et al., Compte rendu du séminaire EMSTES 2000-2001(Courrier du Cethes, n° 48-49, sept. 2001, disponible sur internet à l'adresse: http://www.fundp.ac.be/cethes/CourrierduCethes/sept2001.pdf); une merveille à recommander à tous les collègues qui souhaitent faire un cours de génétique digne de ce nom. Je vais m'efforcer d'intégrer ces éléments à mon cours.



Depuis 1998, le nouveau paradigme, dans lequel s'inscrivent plus ou moins clairement de nombreuses idées avancées dans ces pages, prend forme: son nom serait un "réalisme écologique" pour reprendre les mots de Jean Petitot . Une ontologie proprement scientifique qui s'appuierait sur les mathématiques développées par René Thom, notamment la théorie des catastrophes. Elles représentent à mon avis une des pistes de l'avenir des sciences de la nature.
C'est aussi, si je le comprends bien, la conclusion de Vittorio Luzatti dans le n° de janvier de La Recherche «...je me demande parfois de quel problème je choisirais de m'occuper si j'abordais en ce moment la biologie moléculaire au lieu de la quitter. Probablement, et je l'affirme avec prudence, je chercherais à définir et à mesurer l'ordre qui doit se cacher dans cette masse de données expérimentales qui menace de nous submerger. Pour cela, j'essaierais de faire appel aux instruments mathématiques (reconnaissance de forme, théorie de l'information) qui ont permis d'aborder avec succès des problèmes de même nature rencontrés dans d'autres disciplines.» (La Recherche, 360, janvier 2003, p 71).
Quelques citations sont développées sur la
page sur les modèles, notamment à partir du travail de Anne Dambricourt.
C'est encore, sous une forme plus complète mais complexe, le message du très intéressant article de François GUÉRY intitulé "Une «philosophie de la nature» aujourd'hui" (Encyclopédie Philosophique Universelle, L'univers philosophique, PUF, 1991, [57]) dont voici juste un extrait qui renvoie au
cours de TS (en préparation): « ...la croisade actuelle a une cible : l'éternelle philosophie du hasard, et une arme : la non moins éternelle philosophie de l'ordre et de la finalité. L'effort pour concilier les deux axes - l'ordre naîtrait spontanément du désordre, le hasard engendrerait les fins, l'organisation serait fille du chaos - penche en fin de compte vers un renouveau des fins contre l'aveugle nécessité des lois sans âme.»


Une brève de La Recherche à ne pas manquer en attendant un article de fond (Des gènes pleins de doigté, Louise Blottière, La Recherche, 360, janvier 2003, p 16). Au sein de l'équipe de Denis Duboule, de l'université de Genève, Marie Kmita à réalisé l'ablation du gène Hoxd13 chez la souris sans que la mise en place des membres soit affectée d'une façon majeure (M. Kmita et al., Nature, 420, 145, 2002); il semblerait que le gène Hoxd12 voisin ait pu remplacer le gène manquant; ce qui fait dire à M. Duboule: «il n'est vraiment plus possible de considérer le gène comme tout puissant; il constitue plutôt une unité de fonction qui dépend de son environnement » ; dont acte. Les conceptions de M. Duboule ont constamment évolué, comme nous l'avions déjà souligné à partir des articles de ce chercheur publiés dans La Recherche (résumés et commentaires dans les encadrés sur la page sur le développement ). Travail à suivre.



Un livre à lire La naissance du transformisme - Lamarck entre Linné et Darwin, G. Laurent, Vuibert/Adapt, col. inflexions, 2001; l'histoire des sciences est devenue NÉCESSAIRE au travail de tout scientifique du fait de l'immensité du champ de la culture moderne; l'étendue des erreurs que l'on nous a fait et que l'on nous fait encore enseigner est surprenante; nombre de prétendus darwiniens actuels, en lisant se livre se découvriront peut-être lamarckiens. J'ai essayé de corriger mon cours à l'aide des idées si bien documentées de ce salutaire petit ouvrage (principalement le cours de TS, ancien programme). Les enseignants de SVT devraient arrêter de colporter une conception erronée de la philosophie lamarckienne ("hérédité des caractères acquis") et rendre à cet homme la paternité de la conception moderne de l'évolution.


Suite à la lecture du dernier ouvrage d'Anne Dambricourt (La légende maudite du XXème siècle. L'erreur darwinienne; voir commentaires dans la bibliographie); j'ai essayé de résumer les données en ma possession sur la page sur les modèles; il reste encore de nombreuses interrogations.


Plusieurs arrêtés du Conseil d'Etat du 12 février, du 18 mars et du 8 juillet 2002 annulent les programmes de SVT de la classe de seconde, des classes de première S, ES et L, et de la classe de terminale S (notamment).... soit la totalité des programmes de SVT du lycée (voir ci-dessous les références). L'illégalité des programmes, ne va probablement rien changer de fait (alors que lors d'annulation d'élections municipales par exemple, de nouvelles élections sont organisées...; quel élève de terminale osera attaquer l'état pour illégalité des programmes ?). Et pourtant, c'est un signe clair du mépris de la loi par les hommes politiques au pouvoir dans l'Éducation Nationale (le Conseil supérieur de l'éducation est une structure politique mais c'est surtout l'urgence dans laquelle le vote DEVAIT se faire qui est un signe politique). Mais est-ce vraiment un problème politique ? N'est-ce pas plutôt un problème d'éthique ? A mon avis on est dans cette nouvelle utopie de l'économie informelle-éthique de la transaction dont parle Jean-Paul Gourévitch (voir ci-dessous quelques références au livre de cet auteur: "L'économie informelle: de la faillite de l'Etat à l'explosion des trafics").

Les arrêtés ont été publiés dans l'Agrégation, le bulletin de la société des agrégés de l'université dans les numéros 396, 397 et 398 (25 rue Descartes, 75005 PARIS - 01 46 33 00 79). Les références des contentieux sont:
* 226351, 226354, 226358, 226359, 226360, 226362, 226366 de la séance du 12 février 2002 (les numéros 226354 et 226358 font référence aux programmes de SVT des classes de 1èreS et terminale S respectivement)
* 226352, 226353, 226355, 226356, 226357, 226361, 226363, 226364, 226365, 226367, 226368, 226369 et 226370 de la séance du 18 mars 2002 (les numéros 226364 et 226365 se réfèrent aux programmes de SVT de 1ère ES et 1ère L respectivement)
* 237379, 237380, 237381 et 237382 de la séance du 8 juillet 2002 (le numéro 237382 fait référence à la totalité du programme de la classe de seconde générale et technologique qui est annulé, SVT compris donc)


Une brève à ne pas manquer dans Pour La Science, 294, avril 2002, p 18: Dans des cellules à enclumes de diamants (voir des références sur cette technique dans le cours sur les volcans) des chercheurs américains ont soumis des bactéries ordinaires (Escherichia coli) à des pressions de 16.000 atm (1,6 GPa) auxquelles elles ont résisté, étant capable de se multiplier lors du retour à la pression atmosphérique.


Peut-être pourrait-on oser appliquer l'analyse de Jean-Paul Gourévitch (L'économie informelle: de la faillite de l'État à l'explosion des trafics, Le Pré aux Clercs, Essai, 2002) à la sphère des règles et lois et tout particulièrement à l'iufm. Ce que j'avais ressenti en entrant à l'iufm, comme étant une "hiérarchie floue" est en fait une "hiérarchie informelle", avec ce qu'elle génère de violences. Comme il est difficile d'y trouver une place !
Quelques extraits :
«La loi n'est plus infaillible mais contextuelle. (p 282). Une société qui se métisse
[il s'agit ici bien sûr d'un métissage idéologique et non racial] est amenée tôt ou tard à métisser ses lois, à en faire non plus des normes mais des instruments de régulation et de gestion des conflits. ( p283)
La langue de bois et l'alphabet du cœur ( p291). Il découle de cet affrontement entre tolérance et tabous une morale lacunaire, relativiste, agressive contre ceux qui la contredisent, prompte à la négation des différences et à la valse des éthiques ; selon cette morale, tout est explicable et rien n'est condamnable, sauf ceux qui la condamnent. "Nous vivons - dit Alain Finkielkraut - la fusion exatique de la langue de bois et de l'alphabet du cœur". Cette morale amorale est particulièrement sensible chez les enseignants du public : les enquêtes du CEVIPOF (Centre d'étude de la vie politique française) montrent que ce corps est décalé moralement par rapport à la majorité de l'opinion publique, plus laxiste en matière de transmission des valeurs et largement plus vert-rose que le corps électoral, comme le montre la sureprésentation des enseignants dans la gauche parlementaire. (...)
De la loi à la transaction. La négociation de la loi. ... Nous n'échapperons pas à une
éthique de la transaction, qui se substituera à des lois de moins en moins appliquées et applicables, où tout devra être négocié, y compris le contrat du particulier avec l'Etat en fonction des services que celui-ci continue à assurer effectivement et des ressources financières et humaines que l'individu est prêt à payer pour ces fonctions. (293-294).»



Le dernier ouvrage de Rosine CHANDEBOIS : "Comment les cellules construisent l'animal" est désormais disponible sur www.alapage.com.
Dans le cadre du programme de la classe de seconde, une page de précisions sur l'actualité des
Manipulations cellulaires et nucléaires: cellules et clones, même si j'ai vraiment l'impression d'être très mal informé sur les résultats réels des recherches.


L'heure des bilans arrive.... voici celle des TPE que j'ai encadré en coopération avec mes collègues de mathématiques.



J'ai été alerté très récemment, grâce à l'obligeance d'un visiteur de ce site, au sujet du travail de M. Beljanski, qui est pourtant utilisé et référencé par Mme Rosine Chandebois dans «le Gène et la Forme» et dans «Comment les cellules construisent l'animal» (réf. 32 p 85). Malgré l'importance de ses travaux et leur nouveauté, ils m'étaient vraiment passé devant les yeux sans que j'en comprenne le sens. Ce qui montre, si besoin était, l'imperfection de mon travail, la nécessité de parler avec d'autres personnes et la puissance d'internet. Je vais donc m'efforcer d'intégrer les passionnants points de vue de cet extraordinaire chercheur français décédé en 1998 dans mes pages (à commencer par la génétique, puis une petite page sur les cancers). N'hésitez pas à vous procurer au moins l'ouvrage "Beljanski, un novateur en biomédecine" (voir bibliographie) qui retrace son parcours scientifique et présente une vue d'ensemble de son œuvre avec toutes les références de ses articles : c'est vraiment une source d'informations originales.


un article à lire: Les fondements de la pensée de l'exclusion, Wiktor Stoczkowski, La Recherche, 349, janvier 2001, 42-48 dont voici le résumé et quelques extraits:
« Après la Seconde Guerre mondiale, la volonté de gommer les différences entre les hommes s'est étendue aux hominidés fossiles : il n'y avait jamais eu simultanément plus d'une espèce d'hommes sur Terre. En supprimant ainsi l'étude des différences, les biologistes pensaient supprimer le racisme. A l'inverse, l'attribution de droits a été réclamée pour les grands singes au motif qu'ils nous ressemblent. En fait, la pensée de l'exclusion et du racisme, pas plus que son contraire, ne résulte de l'analyse scientifique. L'appréciation des différences entre les hommes est fonction des présupposés des individus. De nombreux biologistes persistent toutefois à croire que leur savoir scientifique pourrait influencer l'opinion publique».
« A l'évidence,
l'égalité des droits ne se prouve pas: elle se décrète. La nature à rendu les hommes à la fois similaires et différents; la société peut les rendre plus ou moins égaux, sans que les biologistes, en porte-parole autoproclamés de la nature, nous en délivrent l'autorisation.»
« le racisme est une création moderne de la pensée non savante. Si le chercheur voulait dialoguer avec l'homme de la rue et le convaincre, il faudrait d'abord qu'il comprenne la logique de son partenaire, au lieu de supposer que celui-ci, une fois éclairé, adoptera spontanément la sienne»
Ceci dépasse la question du racisme. Trop souvent des scientifiques, pourtant animés d'excellentes intentions, fondent la spécificité de l'homme sur le génome (tout au moins par l'utilisation de phrases maladroites comme par exemple: "l'homme possède dans ses cellules et leur noyau la signature de l'humain : son génome"). De là il est parfois facile de tomber dans l'erreur de croire que le génome fonde l'"humanité" biologique. Le génome ne fonde pas l'humanité, ni du point de vue métaphysique, ni du point de vue biologique, il n'est qu'une part de sa matérialité, un élément essentiel à son travail du vivant. En cela la Déclaration universelle de l'UNESCO sur le Génome humain et les Droits de l'Homme (1997) est aussi ambiguë: voir l'article premier dans le cours de
bioéthique (ou site de l'UNESCO: http://www.unesco.ch/biblio-f/dek_genom_frame.htm ). Cette question est souvent abordée dans les cours: seconde, 1ère ES, de TS et les pages sur l'humanisme.


une petite page sur les probabilités et statistiques... un outil très difficile à manier. Un article aussi creux que celui de La Recherche (Trouver les gènes coupables, novembre 2005, 391, pp 80-81) ne fait qu'en souligner l'importance.


un article à ne pas manquer: Les biofilms, Bill Costerton et Philip Stewart, Pour la Science, 287, septembre 2001, 48-53 qui va dans le sens d'une approche sociologique du travail de relation de certaines bactéries mais aussi d'unicellulaires.


Un essai sur le développement afin de documenter une petite partie du nouveau cours de seconde...le travail du développement (page de 340 Ko).


Une petite phrase toujours d'actualité: "... Puis, une fois en place, les biologistes moléculaires ont siégé dans des commissions, et ils ont tué les sciences naturelles" extrait de "Les modes en sciences", Guy OURISSON, vice-président de l'Académie des Sciences, Pour la Science, 253, novembre 1998, 11 ... que nenni, nous voulons vivre....