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de l'actualité Une démarche
à soutenir : Première partie des pages
sur les
génomes...
Enfin un article de
vulgarisation pédagogiquement valable dans
La Recherche ! Il faut saluer
l'article
de Marie-Laure Théodule " Maladie
d'Alzheimer : trois nouveaux gènes
identifiés " dans le n° 435 du
mois de novembre 2009.
Les propos tranchent radicalement des habituelles
fadaises sur la liaison
génotype-phénotype. Il y a un vrai
effort d'expression scientifiquement exacte tout en
restant accessible à un large public.
Chapeau ! L'histoire rapportée montre
clairement les méthodes, les objectifs, les
financements et les espoirs portés par cette
longue traque génétique tant in
silico que lors d'analyses
génétiques de populations tests.
Même l'encadré sur la prudence
nécessaire à l'interprétation
des tests est clair et exact. Voilà un texte
à utiliser en classe... pour les terminales.
La Recherche m'a autorisé à placer
une
copie sur ce site (les
images en moins). Pour tirage voici une
copie
en version texte.
En observateur de plus en plus
averti, Denis Duboule fait une intervention
remarquable lors de la séance de
l'Académie des sciences du 30 juin 2009
consacrée à Darwin... à
écouter sur Canal
Académie
(son intervention correspond
à la dernière demi-heure de
l'enregistrement). Il parle avec beaucoup de
justesse de " théorie de la variation
contrainte ", de la séparation
inéluctable entre l'évolution et la
génétique, et enfin du rôle
central du temps. Cependant sa conférence
du 21 février 2006 à
l'Académie des
Sciences (disponible
sur
l'IN2P3) " La
génétique moléculaire de
l'évolution ; une science du XXIe
siècle ? " où il présentait
déjà les mêmes thèses,
me paraît plus complète, et moins
conformiste puisqu'il y égratignait
gentiment les néodarwiniens dogmatiques.
J'ai intégré certaines de ses
idées "postdarwiniennes" à ma
page
sur
l'évolution.
Une page qui tranche avec toutes
les autres: La
création selon la Foi
catholique. Je ne parle
pas de Dieu dans mes cours ni dans aucune page de
ce site. Mais je suis catholique. Au nom d'un
athéisme méthodologique on
parle beaucoup contre Dieu: enseignants,
élèves, parents, Éducation
Nationale. Il ne faut pas confondre
laïcité (la dimension
transcendante de l'homme n'empêche en rien la
légitime autonomie de la
société civile) et le
laïcisme (qui refuse à l'homme
sa dimension transcendante). Au-delà de
"la vie
est le mystère qui est le vrai sujet de la
biologie", si j'avais
à parler de Dieu, sur les sujets
traités ici , voici
donc ce que je
dirais...
Cette aventure touche à
sa fin. Pour tous, un livre
d'André Pichot, au carrefour
de l'épistémologie et de l'histoire
des sciences: Histoire de la notion de
vie, Gallimard, 1993
(16
euros);
quelques extraits sur deux pages: le
darwinisme moderne, afin
de dépister les incohérences que l'on
colporte dans l'enseignement, et la
notion de vie
aujourd'hui, où
l'auteur présente une conception personnelle
originale qui réconcilie matérialisme
et évolutionnisme (sans nier
l'originalité de la vie).
J'ai inséré dans
le cours sur la nutrition de terminale des extraits
des travaux de Nissim Amzallag
(L'homme
végétal. Pour une autonomie du
vivant, 2003, Albin Michel)
qui tournent autour de l'autonomie du
vivant : Génétiquement
indéterminé - le vivant
auto-organisé est
paru aux éditions Quæ
(Cemagref, Cirad, Ifremer, Inra) et est
disponible http://www.quae.com/livre/?GCOI=27380100948540;
à
lire d'urgence :
Avec les mots de
Sylvie Pouteau «
L'hypothèse du déterminisme
génétique
[i.e.
du programme génétique, c'est moi qui
ajoute] ne permet
plus de faire avancer les connaissances en
biologie. C'est sur ce constat de départ
qu'un cycle de conférences a
été organisé à
l'Institut Jean-Pierre Bourgin de l'INRA à
Versailles, autour du thème de la
complexité et des nouvelles approches en
biologie. Cet ouvrage reprend le contenu de quatre
d'entre elles».
plan du livre
Le
chapitre de G.N. Amzallag sur
la variation (Ch 1 : Du sens de la
variabilité) me paraît
être un incontournable pour un enseignant.
Les exemples sont tirés principalement des
travaux de l'auteur sur les
brassinostéroïdes, les gibberellines et
la tolérance-adaptation au NaCl (...) chez
quelques plantes. C'est une vraie
réflexion d'expérimentateur
qui ouvre bien des perspectives sur l'analyse
des données expérimentales; c'est un
appel à créer de nouveaux outils
d'analyse dans une perspective ouverte sortant du
génétiquement
déterminé. Les indicateurs
utilisés en écophysiologie
évolutive sont interrogés :
plasticité, canalisation , coefficient de
variation, connectance.... À intégrer
de toute urgence dans les cours
universitaires, pour le lycée je ne
pourrais encore une fois que me contenter de citer
les conclusions sans pouvoir m'appuyer sur
l'étude d'exemples dont le niveau d'analyse
est trop élevé pour le secondaire .
On
pourrait regretter la prudence de l'auteur car les
articles cités sont en anglais et le lecteur
doit y avoir accès voir saisir la profondeur
du propos mais comme il le dit lui-même
...« on ne s'étonnera pas que les
résultats et les conclusions
présentées ici soient encore
très lacunaires. Ils ne forment que
l'ébauche d'une approche d'un horizon encore
largement inexploré, pour des raisons non
seulement conceptuelles, mais encore
pratiques.» Page
récente présentant sa
démarche
Ce site est bien
sûr une expérience : j'ai
hésité longtemps avant d'oser taper
ces pages et il faudra certainement encore plus de
temps pour qu'elles reflètent
réellement ma pensée. Pour dire en
quelques mots les motifs qui me
poussent: * la certitude
qu'il est urgent d'introduire dans
l'enseignement de SVT (et aussi de
Physique-Chimie) une partie officiellement
dévolue à l'histoire des
sciences et à l'acquisition de la
démarche expérimentale (ce qui
peut se faire aussi dans le cadre d'une
initiation à la philosophie... pourquoi
pas avant la terminale); En fait je crois qu'il
faudrait mieux parler d'une histoire de la
raison humaine et de certains concepts des
SVT. Je suis souvent amené lors de
l'élaboration de mes cours à
parler de changement de paradigme. Mais
je précise que ma pensée n'est pas
du tout issue d'une philosophie New Age mais
bien d'une recherche de la vérité
pour laquelle je crois que la raison humaine est
faite (je
considère l'encyclique de Jean-Paul II
"foi et raison" comme une
référence incontournable
(http://www.vatican.va/edocs/FRA0075/_INDEX.HTM),
au sujet du New Age on peut voir
http://www.vatican.va/roman_curia/pontifical_councils/interelg/documents/rc_pc_interelg_doc_20030203_new-age_fr.html). * la
nécessité de modifier
fondamentalement les programmes pour en
revenir au réel, à
l'observation du vivant et de ne
présenter une technique aux
élèves que lorsqu'ils peuvent en
maîtriser l'analyse, bref, faire peu de
choses mais plus à fond. La
version
commentée des
programmes
est devenue obsolète au 24/08/2001 et
étant donné que le cours est
maintenant assez étoffé, elle ne
sera pas reprise sous cette forme dans la
prochaine mouture du site. * la conviction
(acquise récemment - 2004) que l'avenir
des Sciences de la Vie et de la Terre passe par
la mathématisation («les
mathématiques sont le langage
universel», René Thom), non pas
à cause de leur objet (qui peut
être abordé de bien d'autres
manières) mais à cause de la
scientificité qui nécessite une
intersubjectivité (un consensus en fait)
que la philosophie ne peut donner seule. Le
développement de la Biologie
Théorique est le grand défi du
XXIème siècle pour les sciences de
la vie.
Avertissements
Les options
pédagogiques et intellectuelles ne regardent
que l'auteur et n'ont en aucun cas une
reconnaissance officielle des autorités
pédagogiques ou administratives de
l'éducation nationale. L'auteur s'engage
à répondre à tous les
courriers décents et pertinents. Cependant,
suite aux demandes d'élèves qui me
sollicitent pour les aider à rechercher des
documents, notamment pour les TPE, ou même
à résoudre leurs exercices scolaires
(!!!) je précise que ce n'est pas le
rôle de ce site. Voyez l'énoncé
des buts ci-dessus.
Je peux par contre répondre à une
demande d'éclaircissement (sur une question
détaillée dans ces pages)
correctement formulée et faisant preuve d'un
niveau de connaissance
honorable...
mon
mél est : pierre
point stouff arobase libertysurf point
fr. Site
démarré le 2 septembre
1998...
Recherche sur ce site dans
Google
« Le véritable
scientifique
sait très bien qu'il n'est point institué
en
face de son adversaire, mais qu'il est
institué à
côté de son adversaire et des
autres en face d'une réalité toujours plus grande et
plus mystérieuse» (à la
manière de Charles Péguy (qui parle du philosophe),
note sur M. Bergson et la philosophie bergsonienne, Cahiers de la
quinzaine, Paris, huitième cahier de la quinzième
série, mardi 21 avril 1914, pp 67)
"Thus ethical principles form the basis of
science. [...] The search for truth and the idea of
approximation to the truth are also ethical principles; as are the
ideas of intellectual integrity and of fallibility, which lead us to
a self-critical attitude and to toleration"
(Karl Popper, In Search of a Better World, p.
199); je recommande l'article de Mariano ARTIGAS :The
Ethical Roots of Karl Popper's
Epistemology pour éviter de
comprendre ces mots comme une forme de relativisme
« Ainsi les principes
éthiques sont à la base de la science []. La
recherche de la vérité et l'idée d'une
approximation de la vérité sont aussi des principes
éthiques; tout comme le sont les notions
d'intégrité intellectuelle ou de faillibilité,
qui nous conduisent à une attitude de tolérance et
d'autocritique»)
5
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,
philosophique
ou politique
)
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12/2009
http://www.lire-ecrire.org/accueil.html
qui prolonge l'Appel
pour la refondation de
l'école
avec notamment les réflexions
très intéressantes de
Laurent
Lafforgue dont
je me suis déjà fait
l'écho sur ce site. Il faut sans
aucun doute ajouter Michel
Segal à
la liste des enseignants qui ont quelque
chose d'intéressant à
dire.

Une histoire (30 min)
racontée par Michel Segal qui
mérite d'être
écoutée sur Scoladon
ou avec
ce lien direct
(41,4 Mo)
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11/2009
![]()
09-10/2009
Après 2 ans d'attente depuis la publication
de Génétiquement
indéterminé aux éditions
Quæ (voir
ci-dessous),
La Recherche publie enfin un dossier sur
l'indéterminisme: Le
hasard au cur de la
vie, octobre 2009,
434. Mais l'autonomie et
la variabilité sont les grands absents de ce
dossier qui ne parle que de la vision de Kupiec; le
livre cité ci-dessus n'est même pas
référencé !!! Et puis, il n'y
a aucune ouverture sur une autre approche de la
causalité que celle de Kant qui
sépare le déterminisme, seul
scientifique pour lui, et la liberté
(voir biologie
théorique
et 4
causes en
SVT).
L'"indéterminisme" des systèmes
génétiques présentés
reste un déterminisme moléculariste
statistique; il y a une certaine incapacité
à penser le vivant au travers des fonctions
et autres grandeurs mathématiques. Une
occasion manquée.
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08/2009
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02/2009
À titre expérimental je lance un
FORUM
ouvert pour ces questions de relations entre
science et foi
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12/2008
Tout est parti de "la vie est un travail" et tout
doit y revenir. C'est la question centrale. Soit la
biologie se constitue en science de la vie, au
carrefour des sciences expérimentales et des
sciences de l'homme, soit elle est vaine. Lamarck,
en constituant le mot biologie, pour
désigner une science du vivant vitaliste et
mécaniste, avait clairement ce projet. Il
n'a pas été suivi, du moins comme
penseur du vivant, même si c'est bien en
direction d'un matérialisme
mécaniciste que les scientifiques sont
allés, par un renversement paradoxal de
l'explication physico-chimique, vitaliste, en
mécanisme. Les idées de Bergson
représentent pour moi l'espoir d'une
biologie qui réconcilie l'homme avec son
animalité et son histoire. Et le travail de
René Thom porte en germe la possible
réconciliation scientifique entre
matérialisme et idéalisme.
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12/2008
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07/2008
* le
CO2 n'est pas un facteur limitant de la
croissance de la plante
(ce qui invalide le discours de certains concernant
les conséquences de l'évolution de la
teneur de l'atmosphère en CO2 au
cours des dernières décennies);
* des plantules voisines ne luttent pas pour la
lumière (idée de compétition)
mais au contraire adaptent
leur croissance à celle de leurs
voisines;
* la baisse de croissance d'une plante dont le
système racinaire est partiellement
asséché cesse si l'on supprime le
réseau racinaire inutile; ce qui indique que
la plante cherche un équilibre
pour sa croissance entre le niveau des ressources
et ses propres caractéristiques
physiologiques;
* la symbiose,
notamment mycorhizienne, semble davantage tenir de
la concorde (utilisation
harmonieuse conjointe des ressources) entre
espèces que de supposés
bénéfices ou d'une
dépendance...
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1/02/07
1/03/2007 ...
J'ai
été suffisamment intrigué et
passionné par l'article de Vincent
Fleury (Ch4,
Morphogenèse des structures
arborisées et conditions physiques d'une
croissance biologique
auto-organisée, 111-140) pour
passer outre des petites difficultés de
style et de quelques maladresses vis-à-vis
de la description des systèmes biologiques,
et acheter deux de ses ouvrages (Des pieds et
des mains ; Genèse des formes de la
nature, Flammarion, col. Champs, 2003 et De
l'uf à l'éternité - Le
sens de l'évolution, Flammarion, 2006
à destination du grand public (et donc de
mes élèves)). On y retrouve les
mêmes défauts mais on y trouve aussi
d'excellentes choses.
Voilà
un physicien passionné par le vivant qui
aborde les questions par un côté
encore bien inexploré : la
morphogenèse. Il rejoint donc la famille des
Grassé, Thom et autres scientifiques
résolument tournés vers un nouveau
paradigme. V. Fleury n'a pas toujours la prudence
d'expression de N. Amzallag et le choix de la
médiatisation (peut-être trop rapide)
de ses idées fera fuir certains biologistes,
c'est dommage. Car, sans êtres abouties, ses
idées et ses ouvrages sont des ouvertures
qu'il ne faut pas négliger. Je m'inscris
résolument à ses côtés.
Pour
en revenir au chapitre 4 de
Génétiquement
indéterminé, le texte est très
accessible à des lycéens.
J'utiliserais ses propos dans mes cours.
Mais
je persiste à penser que la vision
mathématique de René Thom sur la
morphogénèse est autrement plus
profonde
(voir
la page
sur les modèles
thomiens)
que
la simple prise en compte des lois physiques en
biologie qui constitue cependant une
démarche à
encourager.
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Une nouvelle source d'idées et quelle source
! À conseiller à tous :
L'homme végétal : pour une autonomie
du vivant, Gérard Nissim
AMZALLAG, Albin Michel, 2003 (préface
de Bernard Werber); c'est un plaidoyer contre
l'organisme vivant-machine. Un vrai travail de
biologiste qui revendique un objet et des
méthodes propres. C'est fort bien
documenté (avec les références
des articles scientifiques) et rédigé
dans un langage très accessible, parfait
pour des lycéens.
L'appui
théorique qu'il prend sur les structures
dissipatives de Prigogine, est pour moi discutable
car c'est une théorie qui confère au
hasard une existence qu'il n'a pas à mon
sens, mais n'enlève rien à la
qualité de sa réflexion. Beaucoup
mieux encore, il propose une véritable
théorie de l'évolution à
l'aide de sa notion de dissociation
autonome. Les périodes de
stabilité de l'organisme alternant avec des
périodes de dissociation, initiées
par l'organisme lui-même
(sécrétion d'AMPc chez les
bactéries, d'un stéroïde chez
les pluricellulaires ?), qui lui permettent,
après un retour transitoire des parties
(cellules, organes) à plus d'autonomie, de
retrouver un état NOUVEAU de
stabilité qui émerge des nouvelles
interactions existant entre ses parties et le
milieu auquel l'organisme devient alors
extrêmement sensible. C'est donc pendant ces
crises (métamorphoses) qu'il y a
adaptabilité et développement et....
évolution (c'est moi qui prolonge
l'idée sous-entendue). L'état adulte
d'un pluricellulaire serait la perte de la
capacité à entrer en dissociation
autonome selon les modalités régnant
lors des crises du développement. Il expose
enfin une théorie du développement
psychique de l'homme et de la conscience en
distinguant différents niveaux de
dissociations plus ou moins autonomes. Le titre
fait référence à l'analogie de
développement (rapporté à des
dissociations autonomes) que l'on peut
établir entre le cerveau
(perpétuellement en crise de
développement) et un
végétal (possédant une
embryogénie indéfinie). La
résonance féconde entre la
dissociation autonome de Nissim Amzallag et
la progression autonome de Rosine Chandebois
n'échappera à personne (voir une
page
annexe déjà
ancienne sur la théorie de cette
dernière).
La raison
malmenée. De l'origine des idées
reçues en biologie moderne,
Gérard Nissim AMZALLAG, CNRS
Éditions, 2002
Une histoire des idées en biologie qui
n'hésite pas à traquer le
mensonge (qui finalement est
omniprésent chez les scientifiques, soit
comme un ami soit comme un ennemi). Salutaire. A
mettre entre les mains de tous les
élèves qui veulent s'orienter vers la
recherche. Cet ouvrage fait le pendant de l'ouvrage
précédent. Il me paraît
judicieux de le lire après avoir lu
L'homme végétal pour que la
nudité des critiques soit voilée par
la profonde sincérité qui
émane des idées fécondes du
premier ouvrage. Un enseignant de SVT honnête
ne peut pas enseigner le programme actuel de
lycée sans y ajouter bien des remises en
cause. C'est une question de vérité.
Ce livre peut beaucoup l'aider dans sa
démarche.
(Plan,
préface et introduction sont disponibles
à l'adresse: http://netmc.9online.fr/AdV/Amzallag_Raison.html
)
Les diapositives
de la conférence
donnée au Palais des Congrès de
Poitiers le samedi 8 octobre 2005
(Conférence
grand public - 20h30)
pour le 4ème
Congrès Mondial "de" Biologie Cellulaire et
Moléculaire
(voir
la plaquette
de présentation sur le site de la
région
Poitou-Charentes.
Congrès international organisé avec
le soutien de la revue CMB, Cellular and Molecular
Biology:
http://www.cmbworldcongress2005.com)
sont disponibles
en ligne
(avec
quelques explications
complémentaires)
Je
renvoie aussi à deux pages présentant
les fondements de ce qui a été
rapidement abordé lors de cette
conférence: la cellule,
une théorie
des
modèles.
Buts
Ce site
s'adresse d'abord à mes élèves
(actuels et anciens) et ensuite à mes
collègues (comme base de
discussion).* un
souhait "réenchanter la
science"... mais avec ma propre
personnalité
(je suis
piètre animateur au sens moderne.... et
pourtant quelle merveille d'animer, de donner de
l'âme...les animateurs me paraissent
souvent des agitateurs de vent...pour le style
"C'est pas sorcier" voir les traces
de mon passage à
l'iufm),
que les élèves
s'émerveillent devant une enzyme active,
devant deux cellules qui se séparent,
devant un imago qui sort de son exuvie... et
cherchent de toute leur INTELLIGENCE à
comprendre sans se contenter des fables que leur
distillent parfois leurs manuels scolaires ou
les médias.
Ce site est une
page personnelle. Les textes personnels
présentés peuvent être
utilisés dans le respect de la
propriété intellectuelle. Les textes
recopiés d'autres auteurs ne le sont
qu'à but strictement pédagogique et
les sources sont toujours citées. Les
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