Simualisation de molécules - ancienne version (nouvelle ici)

Pour simualiser les molécules l'applet java Jmol (http://jmol.sourceforge.net/) est probablement le moyen le plus accessible sur tous les matériels (pour système Windows, Linux ou OS - tous les formats de fichiers moléculaires sont acceptés). Cette applet est en OPEN SOURCE (c'est à dire non seulement gratuite mais disponible pour que tous puissent améliorer le code et les fonctions du logiciel).
Attention la version 10 complète avec les doc et le source pèse 22,7 Mo... (Pour démarrer lancer jmol.jar). On peut aussi utiliser les mêmes fonctionnalités que l'applet (JmolApplet.jar) dans des pages html en utilisant javascript (bibliothèque jmol.js), ce qui a été fait dans cette page.

Pour se procurer des fichiers de molécules il faut plus ou moins comprendre l'anglais, même si quelques molécules sont disponibles sur le site de l'inrp (http://www.inrp.fr/Acces/Biogeo/model3d/data3d.htm), pas toujours dans un format utilisable sur un Mac (.exe) !!! ou mieux sur le site http://librairiedemolecules.education.fr/ . Le site de référence est http://www.rcsb.org/pdb/ ou une des sites miroir comme http://www.pdb.mdc-berlin.de/pdb/ . Mais il est préférable de se faire sa propre base de données de molécules car les recherches ne sont pas simples. La mienne se trouve dans le répertoire jmol/PDB/ de mon site.

 Des exemples de contrôles ont été placés dans la colonne de gauche (mais le menu de Jmol en permet bien davantage)


Choisissez la molécule à afficher

ATOMES

Taille des atomes
diamètre des liaisons (angströms)


couleur des liaisons

surface en pointillés



- Pour accéder à toutes les fonctions de l'applet, * SOUS MAC OS cliquez sur le fond de l'applet avec la touche CTRL enfoncée ,
* SOUS WINDOWS cliquez sur le fond de l'applet avec le BOUTON GAUCHE DE LA SOURIS (il y a une aide dans les menus)
Pour un ZOOM,* SOUS MAC OS déplacez votre souris (vers le haut ou le bas) EN MAINTENANT LA TOUCHE ALT ENFONCÉE,
* sous WINDOWS, utilisez la molette (l'applet étant sélectionnée par un clic droit). 

Pour mesurer une distance : double-clic sur le centre du premier atome - double clic sur le centre du second atome. Pour mesurer un angle entre 3 atomes : double clic - simple clic - double clic.
codes couleurs
C
carbone
P
phosphore
H
hydrogène
Si
silicium
O
oxygène
Mg
magnésium
N
azote
S
soufre
(attention les hydrogènes ne sont souvent pas représentés)






Afficher ici deux molécules simultanément pour les comparer
(bases, sucres, groupement phosphate, nucléotides)

Choisissez la molécule à afficher

ATOMES
Taille des atomes

PROTÉINES
Squelette artificiel de la molécule en reliant les carbones alpha par une droite
rayon squelette
couleur du squelette

Squelette lissé de la protéine (atomes de carbone alpha et points intermédiaires calculés)
tracé lissé

Rubans (ribbons) et lignes (strands)

Couleur du ruban


Nombre de lignes parallèles

C
carbone
P
phosphore
H
hydrogène
Si
silicium
O
oxygène
Mg
magnésium
N
azote
S
soufre