Simualisation d'une molécule voisine d'un "tropocollagène" sans ses extrémités globuleuses

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Pour simualiser les molécules l'applet java Jmol (http://jmol.sourceforge.net/) est probablement le moyen le plus accessible sur tous les matériels (pour système Windows, Linux ou OS - tous les formats de fichiers moléculaires sont acceptés). Cette applet est en OPEN SOURCE (c'est à dire non seulement gratuite mais disponible pour que tous puissent améliorer le code et les fonctions du logiciel).
Attention la version 10 complète avec les doc et le source pèse 22,7 Mo... (Pour démarrer lancer jmol.jar). On peut aussi utiliser les mêmes fonctionnalités que l'applet (JmolApplet.jar) dans des pages html en utilisant javascript (bibliothèque jmol.js), ce qui a été fait dans cette page.

Pour se procurer des fichiers de molécules il faut plus ou moins comprendre l'anglais, même si quelques molécules sont disponibles sur le site de l'inrp (http://www.inrp.fr/Acces/Biogeo/model3d/data3d.htm), pas toujours dans un format utilisable sur un Mac (.exe) !!! ou mieux sur le site http://librairiedemolecules.education.fr/ . Le site de référence est http://www.rcsb.org/pdb/ ou une des sites miroir comme http://www.pdb.mdc-berlin.de/pdb/ . Mais il est préférable de se faire sa propre base de données de molécules car les recherches ne sont pas simples. La mienne se trouve dans le répertoire jmol/PDB/ de mon site.

Fichier 1BKV.pdb
3 chaînes de 30 aa avec 111 molécules d'eau (et trois molécules d'acide acétique : CH3COOH ; - voir remarque 8 du fichier .pdb: TWO ACETIC ACID MOLECULES SIT ON A CRYSTALLOGRAPHIC TWO FOLD; AS A RESULT THE ASYMMETRIC UNIT FOR THESE TWO ACETIC ACIDS CONTAIN ONLY ONE OXYGEN ATOM EACH) et une Proline non localisée correctement à partir du modèle (PRO1) qui n'est donc pas représentée; (ces renseignements sont accessibles en anglais en éditant le fichier .pdb dans un éditeur de texte quelconque).
je précise que les clichés de diffraction ne peuvent être interprétés en terme de structure spatiale que si l'on connaît déjà la séquence de la molécule ;
Hyp désigne l'Hydroxyproline, un aa inhabituel; séquence d'une molécule de tropocollagène à 3 chaînes identiques:

A (PRO HYP GLY PRO HYP GLY PRO HYP GLY ILE THR GLY ALA ARG GLY LEU ALA GLY PRO HYP GLY PRO HYP GLY PRO HYP GLY PRO HYP GLY)
B (PRO HYP GLY PRO HYP GLY PRO HYP GLY ILE THR GLY ALA ARG GLY LEU ALA GLY PRO HYP GLY PRO HYP GLY PRO HYP GLY PRO HYP GLY)
C (PRO HYP GLY PRO HYP GLY PRO HYP GLY ILE THR GLY ALA ARG GLY LEU ALA GLY PRO HYP GLY PRO HYP GLY PRO HYP GLY PRO HYP GLY).

Pour voir les acides aminés voir la page protéines et aa

 

 

- Pour accéder à toutes les fonctions de l'applet,
* SOUS MAC OS cliquez sur le fond de l'applet avec la touche CTRL enfoncée ,
* SOUS WINDOWS cliquez sur le fond de l'applet avec le BOUTON GAUCHE DE LA SOURIS (il y a une aide dans les menus)

L'option "Rendu/Structures/... " permet de bien voir les trois chaînes d'aa.

Pour un ZOOM,
* SOUS MAC OS déplacez votre souris (vers le haut ou le bas) EN MAINTENANT LA TOUCHE ALT ENFONCÉE,
* sous WINDOWS, utilisez la molette (l'applet étant sélectionnée par un clic droit). 

codes couleurs
C
carbone
O
oxygène
N
azote
(attention les hydrogènes ne sont pas représentés)

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